قطب علمي گياهان زراعي ويژه در نظر دارد فعاليت هاي خود را در سه زمينه پژوهشي، کاربردي و آموزشي متمرکز نمايد لذا محور هاي زير را مي توان به عنوان اهداف قطب بر شمرد.
الف: اهداف کلي:
1- جمع آوري و ساماندهي پژوهشهاي گياهان ويژه و برنامه ريزي براي معرفي ايران و استان خراسان در مقياس جهاني بعنوان مركز توليد و پژوهش در زمينة گياهان ويژه.
2- برقراري ارتباطات علمي و همکاريهاي مشترک با موسسات داخلي و خارجي دست اندر کار پژوهش و توليد گياهان ويژه
3- مطالعه در زمينه اثرات تغيير اقليم بر توليد گياهان ويژه
4- پژوهش در زمينه اهلي سازي و سازگار شدن گياهان ويژه ارزشمند و مورد نياز جامعه به اکوسيستم هاي زراعي
5- شناسايي و احياء دانش بومي مربوط به توليد گياهان ويژه
6- سمت دهي پايان نامه هاي تحصيلات تکميلي بر روي گياهان ويژه
7- تربيت نيروي علمي متخصص در زمينه گياهان ويژه
8- تعيين و بهينه سازي مصرف نهاده ها در توليد گياهان ويژه
9- بهره برداري از منابع آب غير متعارف در توليد گياهان ويژه با توجه به کمبود شديد آب
10- مدلسازي رشد و نمو و پاسخ گياهان ويژه به عوامل محيطي و نهاده ها
ب : اهداف جزئي:
1- پهنه بندي اگرواکولوژيک گياهان ويژه در استان خراسان به منظور ايجاد امکان توصيه دستورالعمل هاي ويژه براي هر پهنه اقليمي
2- تعيين جايگاه گياهان ويژه جديد در الگوي کشت مناطق مختلف توليد
3- توليد گياهان دارويي بصورت ارگانيك به منظور حفظ مواد موثره آنها و عدم ورود مواد مضره به درون بافت ها
4- انتشار يافته ها ي قطب علمي در مجلات از طريق تداوم چاپ وافزايش تعداد شماره مجله «پژوهشهاي زراعي ايران» و ديگر مجلات علمي- پژوهشي داخل و خارج از کشور و شرکت در همايش هاي ملي و بين المللي و تداوم فعاليت پايگاه اينترنتي اطلاعات گياهان زراعي ويژه
5- بهينه سازي الگوي مصرف آب در گياهان ويژه
6- توليد بذر گياهان ويژه براي اهداف پژوهشي و توليدي
7- انتقال يافته هاي قطب علمي گياهان زراعي ويژه به توليد کنندگان و پژوهشگران از طريق برگزاري کارگاههاي آموزشي و همايش هاي تخصصي.